吳式芬紀念主展室設在吳式芬故居的儀仗廳，其東側北墻鑲嵌著三方刻石，中間一方是清代主盟詩壇的王士禎題給吳紹詩的，左右兩方刻石分別為劉墉和鄭燮所題。儀仗廳門匾“尚書第”是清大學士于敏中題寫，橫匾“進士人家”是文華殿大學士張廷玉所書。廊柱楹聯是吳式芬金石學盟友何紹基題贈的，廳內對聯是清甲骨文專家王懿榮篆書。館內陳列分櫥展、壁展兩部分。櫥展陳列有海豐吳氏家譜、吳式芬書稿、金石文手跡和吳式芬主要著述等。櫥展中還有吳重憙輯錄的吳氏“小四庫全書”之一的多卷本《無棣吳氏世德錄》，以及吳氏的部分收藏品，吳式芬的手刻楹聯、手硯和名章等。壁展部分有吳式芬畫像、吳式芬列傳、吳氏主要成員簡介、科貢名錄、官位總覽、世襲圖表等，還有部分歷史文化名人諸如翁同書、陳介祺等寫給吳式芬的詩文傳記挽聯等。吳式芬紀念館館藏豐富，共展出吳式芬誥命、列傳、殿試卷、手稿、信札、石刻及其部分詩文作品等實物、史料近千件(篇)，隨著吳式芬故居的修復，紀念館的規模將擴展為五室三廳，并逐漸豐富館藏。